La situación de guerra impidió la aplicación normalizada en el manicomio de las exigencias legislativas recogidas en el Decreto de 3 de julio de 1931 para la asistencia de enfermos mentales. Por su ubicación próxima al frente de batalla el establecimiento sufrió diversos bombardeos. Durante los años de la guerra sirvió de alojamiento para individuos que no presentaban enfermedad mental, como militares o periodistas. La plantilla de médicos pasó de 5 a 3, e incluso 2, durante esos años. De igual modo, el personal subalterno disminuyó, debido principalmente a las incorporaciones al ejército y sus funciones fueron suplidas en muchos casos por personal no cualificado. Se limitaron los ingresos y aumentaron las altas. Un número importante de pacientes fueron internados por orden militar, supuesto de internamiento no recogido en el Decreto en vigor. La mayoría eran varones, procedían de la provincia de Madrid y fueron internados en la categoría de beneficencia. Llama la atención el ingreso de numerosas religiosas, Hijas de la Caridad, que fueron internadas días antes de la ocupación de la población por el ejército franquista.
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Las altas fueron mayoritariamente por defunción y casi un tercio por traslado a otras instituciones, en general por orden militar. La tasa más elevada de mortalidad intramanicomial se registró en 1937, de casi un 10%, mayor que en las décadas previas. Las principales causas de mortalidad por aparatos fueron digestivas y neurológicas. La mortalidad por causa infecciosa supuso el 30,5%. Más de la mitad de los pacientes tenían un diagnóstico de esquizofrenia. La paranoia, oligofrenia y psicosis maniaco-depresiva fueron diagnósticos menos frecuentes pero suficientemente relevantes. Los pacientes nuevos internados entre julio de 1936 y abril de 1939 también fueron principalmente esquizofrénicos, pero destacó el internamiento de pacientes con “otras psicosis orgánicas” en los ingresos por orden militar, así como la aparición, por primera vez en la institución, del diagnóstico de psicosis de situación/psicosis de guerra.
Los tratamientos aplicados fueron muy escasos. Sólo se recogieron seis tratamientos farmacológicos: el empleo de luminal en dos pacientes, dos abscesos de fijación de esencia de trementina, la prescripción de piramidón para un proceso tifoideo y suero glucosado para tratar unos vómitos.
Se concluye que la situación de guerra menoscabó la asistencia psiquiátrica en el manicomio e influyó en el perfil de los pacientes que ingresaron. Los enfermos sufrieron las consecuencias de bombardeos, restricciones y carencias, y el funcionamiento de la institución se vio alterado, paralizándose la aplicación de las reformas asistenciales republicanas.